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         重元寺初名重玄寺，始建于梁武帝天监二年(公元503年)，与寒山寺、灵岩寺、保圣寺同时代。梁武帝萧衍以佛化治国。一时上行下效，全国崇佛。住在长洲县衙西北二里处的官员陆僧瓒，因见官宅上空祥云重叠，便立即奏请梁武帝，舍弃自家官宅，改建寺庙，并取名重云寺。梁武帝欣然赐匾表示嘉许，匾额题为“大梁广德重玄寺”。“重云”被误为“重玄”。 
        公元842年，唐后期武宗会昌二年，中国历史上最大的一次“灭佛”运动突然爆发。朝廷对僧人展开了残酷的迫害和杀戮。苏州城里的寺庙大量被毁，僧人纷纷迁出城外，有的在别处另建新寺。离苏州城三十里的唯亭镇便出现了一座新的重元寺。
         吴越钱缪时代(公元908-932年)，曾对重元寺进行过大规模的修葺。重修后的重元寺，仍是一座“巨刹。规模宏大，殿阁崇丽，寺前有两座土山，两块异石立于庭前，一尊高丈余的无量寿佛铜像屹立于中央，十六尊罗汉环立两侧。另有别院五座。
          重元寺在宋朝改名为承天寺。宋宣和年间(公元1119-1125年)，又因朝廷禁止寺、观、桥梁以“天、圣、皇、王”等字命名，而改名为“能仁寺”。元代至顺年间(公元1330-1333年)，重元寺曾毁于火。元至正年间(公元1341-1368年)，由悦南楚和尚重建，再次恢复一新。这时的重元寺，寺内除有无量寿佛铜像外，还有盘沟大圣祠，灵佑庙和万佛阁。清朝因避康熙帝玄烨之讳，易“玄”为“元”，重元寺名就一直延用至今。重元寺最终毁于七十年代。
         历代诗人如白居易、韦应物、皮日休、陆龟蒙、范成大等都为之吟咏。
          2003年11月为进一步落实党的宗教政策，构建社会主义和谐社会，弘扬佛教传统文化，满足佛教信徒的宗教生活需要，经江苏省人民政府批准恢复重建重元寺。2007年11月17日隆重开光。
          新修建的重元寺，根据“经典有依据，历史有传承，艺术有创新，方便有特色，功能有感应”的五项原则，做了精心的规划。重现在人们眼前的重元寺占地三百余亩，地处风景秀丽的阳澄湖半岛之中。水上观音院——重元禅院相互呼应，表现出莲花佛国的观音道场特色，万佛庄严的独特风貌。再现了当年重元寺的风采，成就了一个佛、法、僧三宝具足的佛教道场。
         进入重元寺景区，首先映入我们眼帘的是长200米的礼佛大道。礼佛大道的南北两侧刻有阿弥陀佛四十八大愿的石壁画。
         礼佛大道上还屹立着七根七莲祈愿柱，每根柱子上都塑有浮雕，前六根柱子上的浮雕展现的是佛教的六度修行法门，第七根柱子上浮雕的内容是礼佛的场面。这种七莲祈愿柱的设计理念与建筑方式是重元寺独有的。
         在礼佛大道的尽头，是一座仿制的古代城门。中间一座城门上的重元寺三字系已故全国政协副主席、中国佛教协会会长、著名诗人、书法家赵朴初居士亲笔题写。而左右两边城门上的“江南大观，萧梁遗迹”是我国当代著名的国学大师、北京大学原副校长季羡林先生亲笔所题。
        重元寺坐北朝南，寺院的三门前树立着刻有佛顶尊胜陀罗尼经的两座经幢。
        进入重元寺，首先看到的是天王殿。天王殿匾额系已故著名书法大家沙孟海先生所题。天王殿中间供弥勒佛，背后供韦驮菩萨，面向北。东西两旁供四大天王。
        天王殿的西面是鼓楼。它的匾额是由现中国佛教协会副会长净慧长老亲笔题写。鼓楼所悬放的鼓直径为2.19米，是世界上最大的铜腔皮革鼓。
         天王殿的东面是钟楼。它的匾额是由寒山寺前任方丈，现寒山寺法主性空长老亲笔题写。钟楼悬放的大钟重约12吨，高3.8米，口径为2.19米，采用现代高科技铸造而成。这口钟发出的声音，即为唐朝所使用声律中的第一声第一律，声音雄浑天厚，余音绕耳。所以大钟的名字叫做“唐朝第一律第一声梵音大钟”。
         天王殿的北面是放生池。池上有三座桥分别为能仁桥、智慧桥、福德桥。能仁桥由国学大师、红学专家冯其庸先生所题写。智慧桥与福德桥是由寒山寺、重元寺现任方丈秋爽大和尚亲笔题写。
         放生池的北面是一个宽阔的花岗岩广场。广场的西边是大行普贤菩萨殿。普贤菩萨殿的匾额是由中国佛教协会咨议委员会副主席、重庆市佛教协会会长惟贤长老所题写。
         广场的东边是大智文殊菩萨殿。文殊殿的匾额是由现任中国佛教协会会长一诚长老所题写。
         广场的正中是大雄宝殿。大雄宝殿是寺院的主体建筑，是佛寺的正殿。建在中轴线中心部位的高台基上。重元寺的大雄宝殿脊高36米，建筑面积2100平方米。殿内供奉的是横三世佛。“大雄宝殿”四字是赵朴初老会长题写的，“无上清凉”是近代高僧弘一大师的手迹，“恒顺众生”是现代佛教的高僧大德茗山长老的手笔。大雄宝殿两侧供奉着十八罗汉像。大雄宝殿的后部，是海岛观音群雕，主要讲述了善财童子五十三参的故事。海岛观音群雕采用传统生漆脱胎制像工艺，总长度25.8米，高12.2米，塑造大小佛教人物150余尊。该群雕面积近300平方米。   
         大雄宝殿的北面有两座配殿。西边的配殿是大愿地藏菩萨殿。地藏菩萨殿的匾额是由现任中国佛教协会副会长、
苏州灵岩山寺方丈明学大和尚亲笔题写。
         东边的配殿是虚空藏菩萨殿。虚空藏菩萨殿匾额是当代禅门泰斗，百岁高僧本焕长老的手迹。   走出重元寺，可以看见由茗山长老题写的“水天佛国”的牌坊。其后便是一座十九孔的接引桥，名曰“普济桥”，出自香港佛教联合会会长觉光长老的手笔，度过了此桥，就来到了莲花界。观音阁地宫侧壁采用传统锻铜工艺。观音阁高达46米，是国内最高的水上观音阁。匾额是本焕长老的手迹。观音阁里的33米（总高）杨枝观音像（像高26米），是国内最高的室内观音像，像身展开面积达1160平方米。同时，这尊铜胎贴金观音像，也是国内最重的室内观音像，通体采用80吨青铜再加贴金工艺铸成。与这尊观音像同一炉铜水铸出的，还有9999尊33厘米高的小观音像。  
         在大雄宝殿东侧设有素斋馆，名为香积厨。一楼大厅餐位180个，供应素面、素点心及素斋。二楼有包厢12间，每间包厢可接待8至10人不等，点菜、套餐或随意小酌。